Attualmente i comuni interessati da deroghe sono 112, concentrati in tre regioni (Lazio, Toscana e Campania). Fino a qualche anno erano molte di più: tra il 2003 e il 2009, infatti, Emilia Romagna, Lombardia, Marche, Piemonte, Puglia, Sardegna, Sicilia, Trentino Alto Adige, Umbria e Veneto hanno richiesto le deroghe, triennali e rinnovabili due volte, concesse dal ministero della Salute e, nel secondo rinnovo, dalla Commissione europea.
Entro la fine del 2012 i comuni dovranno comunque mettersi in regola. Gli interventi e i fondi necessari per ripristinare la qualità delle acque sono stati pianificati, ma in alcune realtà territoriali i lavori procedono a rilento. Del resto, come denuncia Giorgio Zampetti, responsabile scientifico di Legambiente “lo strumento della deroga, inizialmente previsto solo come misura transitoria per dare tempo alle autorità competenti di realizzare gli interventi necessari si è trasformato in un espediente per prendere tempo e alzare i limiti di legge rispetto ad alcune sostanze fuori parametro”. La Commissione europea però nel 2010 ha bocciato la concessione del terzo triennio in deroga.