Un genoma tutto verde

NOTIZIE – Si chiama 1001 Genomes ed è un progetto che coivolge 11 laboratori di ricerca in diversi paesi. Lo scopo è di creare un catalogo delle variazioni della sequenza del genoma dell’Arabidopsis thaliana, una delle piante più studiate nei laboratori di tutto il mondo.

Il progetto è stato avviato nel 2008 e riprende l’idea del più famoso 1000 genomi, partito nello stesso anno con la missione di catalogare le varianti genetiche umane. Dopo quasi 4 anni il gruppo di 1001 Genomes ha sequenziato quasi 471 genomi di diversi e ha pubblicato questa settimana i risultati dell’analisi di 100 sequenze di diversi ceppi provenienti da 8 regioni diverse su due diverse riviste.

I dati hanno confermato una grande variabilità. Oltre a milioni di piccole differenze nella sequenza del genoma, i ricercatori hanno trovato centinaia di geni assenti in specifici ceppi oppure casi in cui i geni erano presenti in copie multiple, ipotizzando che questa flessibilità “genomica” possa essere la chiave per spiegare la capacità dell’Arabidopsis di adattarsi ai diversi ambienti e a climi molto diversi.

Come si vede nell’immagine qui a lato, l’Arabidopsis infatti cresce in ambienti piuttosto differenti e a seconda della zona mostra diverse caratteristiche fenotipiche, pur restando la stessa specie vegetale.

Il problema principale del progetto è il reperimento di fondi. Nonostante l’arrivo di nuove tecnologie, sempre più rapide ed economiche (e maggiormente efficienti), il sequenziamento resta una tecnica costosa. Sequenziare interi genomi costa ancora molto e i singoli laboratori del progetto hanno cercato spesso autonomamente i propri fondi, come il gruppo di Joe Ecker del Salk Institute che ha appena ricevuto un finanziamento di 2 milioni di dollari dalla National Science Foundation (NSF).

Come ha dichiarato in una recente intervista Richard Mott del Wellcome Trust Centre:

It’s not the same as the [human] 1000 Genomes Project, in that it’s not a singly funded entity. It’s more of a kind of umbrella. Many groups around the world are sequencing Arabidopsis genomes and this is a way of bringing everything together.

I dati ottenuti sono stati resi pubblici e disponibili per tutti la comunità scientifica. I primi risultati del progetto 1001 Genomes sono stati pubblicati su Nature e Nature Genetics.

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