SALUTE – Si piega alle estremità e con un colpo di coda si taglia via dalle altre proteine a cui è legata: è la proteasi libera dell’HIV, un enzima cruciale nelle prima fasi di sviluppo del virus. Una ricerca spagnola (hanno collaborato ricercatori dell’Hospital del Mar e dell’Università Pompeu Fabra di Barcellona, e il gruppo è coordinato da Gianni De Fabritiis, un ricercatore italiano ora a Barcellona) pubblicata sui Proceedings on the NAtional Academy of Sciences descrive i passi cruciali della maturazione di questa proteasi, meccanismi che potrebbero essere sfruttati per la creazione di nuovi farmaci antiretrovirali.
La proteasi in questione è importante perché taglia a pezzetti le catene di proteine che formano l’HIV riducendole a singole unità proteiche che andranno a formare la struttura infettiva di nuovi virioni – particelle infettive -. La cosa che lasciava perplessi gli scienziati è che nelle fasi precoci la proteina che forma l’enzima “forbice” è connessa alle altre proteine, proprio come quelle che dovrebbe tagliare. Come fa dunque a staccarsi se essa stessa è l’enzima che dovrebbe servire a tagliare le proteine?
I ricercatori hanno usato un software specifico per dimostrare che la proteasi per staccarsi piega una delle terminazioni connesse alla catena poliproteica in direzione del proprio sito attivo e taglia poi il legame chimico che la connette al resto della catena. Gli scienziati pensano che se si potesse stoppare questo processo si potrebbe prevenire il proliferare dei virioni, rallentando così la malattia.
Della ricerca è anche interessante il metodo. il software usato si basa sulla tecnologia GPUGRID.net , una piattaforma distribuita che utilizza la potenza di calcolo di numerose macchine messe a disposizione da utenti privati (il cosidetto cloud computing). Questo permette di avere una potenza di calcolo complessiva vicina a quella di un supercomputer. Qui sotto il video della simulazione ottenuta con GPUGRID.
